春季元旦之后，天气异常恶劣，有大风吹折树木，积雪深达数尺至人的腰部。从冬季到春季，天气持续阴冷，没有出现晴朗的迹象。飘雪和雨水洒落不断，违反了日历节气。白洋河的河床已经干涸，堆积了白雪和杂木，像是织就了一幅美丽的锦缎。运河无法使用，因此粮饷运输困难，黄河前线的粮饷短缺。幕府军在当地采集蔬菜茶叶，勉强度日。
寒风强劲，黄河一带军情严峻。幕府军秦士奇带队在黄河以南沿岸筑墩，放置火炮，岸墩数量极多且质量完备。多年以后，岸墩的地基依然完好。清朝调集各地军队，从山东省、北直隶抽调八旗军，在黄河沿岸对峙幕府军。
二月，高杰死讯传遍各地，黄得功带领军队抵达扬州城下，威胁当地高营家眷。扬州城幕府军开始防守。初九，史可法得知消息，集结幕府军大队，班师前往扬州，并吩咐徐州李成栋等队伍继续防御黄河。幕府军黄日芳队伍则作为黄河守军，驻守宿迁、邳州一带，随时支援前线。
当时有山东人阎尔梅抵达史可法军前，请求幕府军放弃扬州，转入山东、河北、河南的三省交界处，在这一带流动游走。但史可法拒绝了这个请求，因为幕府军士兵大多源自扬州，家庭财产大多在扬州。史可法表示，如果阎尔梅能在北方召集义军，可以在黄河一带与幕府军汇合。
十五日，史可法抵达大运河邵伯镇，减免了高杰曾经设立的关税，扬州商民都很高兴并赞美史可法。并传令扬州府同知曲从直、幕府中军马应魁，直入黄得功营地质问。黄得功想要分配得到更多的地盘，他要求得到兴化、泰州、通州，包括地盘和盐务权力，但是高营将领并不答应，双方各自准备大战。幕府军支持高营军队。一直到皇帝出面，发出圣旨，由大太监卢九德手持圣旨直达军营，表态皇帝谴责黄得功，于是黄得功才撤走。
三月间，高杰死后，麾下军队分裂成数个派系，其中亲丁队伍大约有三千多士兵，此时都拥护邢氏和世子。高杰妻邢氏担心儿子幼小，不能压众，她知道史可法没有儿子，提出让儿子拜史可法为义父。民间舆论认为是高杰身死，其妻子软弱无力，无法统辖各派系，才导致这次兵变。邢氏希望将儿子过继给史可法作为义子，互相结盟。
幕府内部讨论，担心大太监高起潜的态度。因为高起潜属于江北提督，皇帝亲信，专门监视扬州幕府，影响举足轻重。有幕僚建议，可以让邢氏母子拜高起潜为义父。邢氏设宴，母子拜高起潜为义父，而高起潜同意了。高起潜设宴邀请史可法，又表示让邢氏母子拜史可法为义父，这时史可法勉强同意。
邢氏母子和三千多士兵，都表示愿意跟随史可法。南京朝廷得知此事，于是发出新任命，以原翰林院编修卫胤文总督淮扬军事，专门管辖高家军队。而高家将士对此不满，卫胤文抵达扬州就任督抚，高家军没人迎接他。此时的扬州，竟然有三个督府，分别是卫胤文、高起潜、史可法。幕府内部讨论，认为南京朝廷在分权，这是忌惮且不信任史可法。无奈之下，史可法只好离开扬州，转而驻扎泗州。
此时，清朝豫亲王多铎率领大军从陕西省出发，过虎牢关，进入河南省，占领洛阳府、开封府、归德府。并在境内招降纳叛，扩充兵力，整顿队伍，储备物资。徐州一带的高营军李本深等队伍崩溃逃跑。清朝又抽调八旗军，合计派遣八名参将队伍前往济宁一带驻守。从此南下进攻邳州、宿迁。当地的幕府军防守严密，并传信至史可法。黄河报警，史可法发奏疏请求弘光皇帝亲自下圣旨，调集江北四镇联合，进入黄河战场防御，并多发钱粮犒赏，但是不了了之。
四月初一，史可法传令参将刘恒祚、游击孙桓、都司钱鼎新、于光等船队集结出发先与黄河守军的队长黄日芳在淮安城清江浦会合，然后渡过洪泽湖，向泗州进发。
初二，幕府考核提拔礼贤馆的诸生。应廷吉进行选拔试验，嘉禾归昭、昆山孙元凯等人被授予甲等或乙等官职，还有唐大章、唐妍、张大武、陆燧等人被任命为通判、推官、知县等官职。大约二十多人被提拔，之后有十九人在扬州与史可法殉国。这天，弘光帝发诏书给史可法，要求幕府军调集兵力到长江上游，抵御左良玉。
同年四月，左良玉率数十万兵力，由武汉举兵东下，要清君侧，“除马阮”。当时，史可法移军驻泗州，保护明朝祖陵。
初五，清朝豫亲王多铎在归德府集结大军，沿汴水顺流而下，往东南进攻泗州。
南京朝廷举行议论，一些大臣请求加强江北防御，因为清军似乎看起来更强大。内阁首辅马士英站在皇帝身边，大骂这群大臣，说：“你们这群东林党人，借口防守江北，实际上是在纵容叛逆左良玉进犯！如果清军到来，朝廷可以考虑谈判，但如果‘左逆’到来，那么我和皇帝就会死定了！”弘光皇帝表态，支持马士英。
马士英命令史可法尽撤江防之兵以防左良玉。史可法只得兼程入援，抵达燕子矶，导致淮防空虚。
左良玉被黄得功所败，呕血而死，子左梦庚率全军投降清朝。
史可法带队亲兵前往长江，并把令箭授予应廷吉，便宜行事。应廷吉率领其余队伍前往泗州。刘泽清要求取军器、火药、饷银等物。应廷吉拒绝了，并说“我们是朝廷任命的官员，是皇帝授权史可法组建的幕府，不是被藩镇委派的。藩镇的令箭，为何传到我这里！这些军器、钱粮，是受命于阁臣史可法去泗州的。我将亲自去见藩台刘泽清，面议是否交付。”应廷吉带队在高邮城，汇合李成栋，就地扎营，既是防备刘泽清，也是相机行事。
初十，史可法带兵到达南京城外草鞋峡，才得知黄得功队伍已经击退了左良玉。弘光皇帝发圣旨，清军开始南下，要求史可法速速回去扬州料理，不必进入南京。旋即皇帝又下诏书，史可法速奔赴泗州城驻守。史可法请求进入南京朝拜面见皇帝，讨论军机并请求南京派兵协防扬州，而皇帝拒绝见面。然后史可法登上燕子矶，面向南京拜了八次，悲痛地哭泣后离开了。
幕府队伍驻扎在高邮城时，接到传令：左良玉威胁南京，幕府队伍和所有军器、钱粮至南京城外浦口港。午刻又接到令箭，上面说：清军正在南下，幕府队伍驻守扬州听从调遣。晡后，又接到令箭，上面说：盱眙城紧急求援，幕府队伍可以准备前往天长城驻守。应廷吉对诸将说：这些命令显然很混乱。岂有一日三次调遣军队和粮饷？频繁的紧急情况令人惊急。扬州城必定有内部变故，南京朝廷制造了太多的干扰。应廷吉继续带队驻扎在高邮城。
史可法奉命北返，此时盱眙降清，泗州城陷。史可法遂至扬州，继续抵抗清军的进攻。
七、志决献身
清顺治二年（弘光元年，1645年）四月十三日，清军先锋队伍总兵阿山率领蒙古总兵马喇希、富喇克塔等将士夺取泗州的淮河桥。守军侯方岩的队伍惨败，焚烧桥梁后撤走。清军在泗州集结大队，坐船渡过淮河南下，抵达盱眙城下，守军投降归顺清朝。此时，史可法昼夜急行不顾风雨，奔入天长城，并发檄文召集诸将前去援救盱眙。突然传来盱眙城已经投降的消息，泗州城也沦陷。史可法冒着风雨，踩踏泥泞，一昼夜抵达扬州，坐镇幕府指挥事务。十四日，扬州城中传言，许定国和清军已经到达扬州，意欲彻底消灭高杰家族残存军队以斩断仇怨。凌晨，高家军的邢氏带队奔向泰州，携带了大量的牲畜、舟楫。高家军大约只有数百士兵留守扬州城内，队长为都司程秀夫。史可法传信联络幕府军各队伍，并写下血书奏疏，发往南京兵部求援。
十五日，幕府黄日芳的黄河守军沿着大运河而下汇合应廷吉队伍。看到北方的艅艎挂帆在江上，蜂拥而来，询问得知，这是刘泽清率领的勤王军队。应廷吉带队驻扎在高邮湖，警戒刘泽清军阀。当日有清军使者抵达高邮城一带，招降南明军队。
十六日，幕府得到情报，南下的清军更多且更密集。黄日芳发檄文，召集川籍将领胡尚友、韩尚谅，各带队扎营茱萸湾。应廷吉带领幕府军汇合，驻扎在瓦窖铺，形成防守的犄角之势。这天，刘泽清的军队撤回淮安城。
此时多尔衮劝降，史可法致《复多尔衮书》拒绝投降。四月十七日，清军进至距离扬州二十里处下营，次日兵临城下。史可法“檄各镇援兵，无一至者”。
十七日当天，清朝豫亲王多铎率领大军抵达扬州城外二十里。派先锋队伍宗室韩岱、梅勒章京伊尔德、护军统领阿济格尼堪等先抵达扬州城以北扎营，沿途收集舟船一百余。派右翼队伍署护军统领顾纳代、伊尔都齐等先抵达扬州城以南扎营，沿途收集舟船二百余。
郊外的居民害怕战乱，互相扶携要入城。无法入城者，则跪地哭号，哀声震撼大地。史可法下令开放城门，让平民入城，并组织义勇守城，队长为戴之蕃、张有德。又组织医生救助，队长为医士陈天拔。
十九日，史可法传令何刚、刘肇基队伍入驻扬州城内。刘肇基刚到，建议若清军尚未集结，可以背城一战突击清军。但此时清军大队已经抵达城外，史可法回应不可轻率出击，保持守军士气，坚守等待机会。史可法传信至南京，朝廷中央军有操江军、京营，合计水陆队伍十八万士兵，都在江边观望扬州胜败。
此时，事态危险，命运飘摇。史可法召唤史得威，二人相持哭泣。史可法劝说史得威：“我为明朝死去，你应该活着帮助我家人。我母亲年事已高，而我没有子女，你要为我继承家业照顾母亲。我不负明朝，你也不要负我！”史得威接受遗令。
史可法随后写下几封遗书，分别给弘光皇帝、清朝豫王多铎、太夫人、夫人、伯叔父以及兄若弟。函封完成后，都交给了史得威，又嘱托说：“我死后，请你将我葬在太祖高皇帝附近，如果不行，那就在梅花岭。”
四月十九日，高杰部提督李本深率领总兵杨承祖等向清豫亲王多铎投降，广昌伯刘良佐也率部投降。史可法于扬州西门楼写下四道遗书给他的家人，在他死后，希望夫人和他一起以身殉国，愿归葬钟山明太祖孝陵之侧。
二十日，清军暂时驻扎在斑竹园，砍伐树木，打造云梯，等待红衣大炮。扬州城有一名勇士，名为押住，单骑劫营偷袭清军，勇士夺得一匹马和斩获一级头颅，成功返回扬州城。史可法赏赐勇士一袭蟒纱和一百两白银，勇士为投靠明朝的夷丁。
二十一日，总兵张天禄、张天福带领部下兵马投降，随即奉多铎之命参加攻取扬州。甘肃镇李栖凤、高岐凤队伍四千人至扬州协防。幕府军的梁以樟、应廷吉、张鑻、施凤仪和礼贤馆诸生队伍，俱入扬州城守卫。
二十二日，多铎驻扎城外，传令归降清朝的曾经明朝官兵，到扬州城外，派使者对史可法说：“公忠诚闻于华夏，却没得到朝廷的信任，那么死去又有何益呢？”守军射箭驱逐使者。随后，又有数名使者招降，史可法派兵逮捕使者，投入护城河淹死。
甘肃镇总兵李栖凤和监军道高歧凤带领部下兵马四千入城，两人的意思却是劫持史可法，以扬州城投降清朝。史可法毅然说道：“这是我殉国的地方，你们打算做什么？如果想要富贵，请你们自便。”李栖凤、高歧凤见无机可乘，于四月二十二日率领所部并勾结城内四川将领胡尚友、韩尚良一道出门降清。
二十三日，当时扬州城外东侧，大运河畔邵伯镇，储存有饷银二十万，兵器火药十万，诸多粮米。史可法传令，应廷吉负责管理这些粮饷，陆续转运至扬州城内，补给守军。
二十四日，清军的红衣大炮运输队抵达扬州城外。清军试射红衣大炮，弹丸击中扬州城官府，从早晨一直到夜晚，扬州城墙损毁严重，堞堕无法修复，守军以大袋沉泥填补。清军攻城不利，且每日消耗物资巨大，于是多铎举行军议，商讨是否继续围攻。
二十五日，早晨，八旗军大队集结。黄旗总兵宗室拜尹图、公爵图赖。蓝旗总兵阿山、费扬古、富喇克塔、杜尔德。白旗总兵宗室韩岱，兼任兵部尚书。正白旗总兵阿济格尼堪、伊尔都齐、吴喇禅、马喇希。合计总兵十一名，包括皇室宗亲二位，兵部尚书一位。估计八旗军有数万。
扬州守军内，有幕府军四名大将，刘肇基总兵，何刚总兵。中军马应魁，标营史德威。其余普通副将大约二十名。一名大将统辖士兵大约二三千，合计幕府士兵估计一万。再加上义勇民兵，守军估计大约二万。
豫亲王多铎传令全军出击，强攻扬州城。先以红衣大炮集中轰击城墙西北侧，炸至崩塌，而塌陷形成缓坡。八旗军使用云梯冲锋，攀登缓坡缺口，与幕府军肉搏战斗。史可法登上城墙督战，且祭拜上天鼓舞士气，幕府军用大炮反击。八旗军死伤上千。双方火炮轰炸，崩声如雷，城墙上下惨死无数，双方尸体堆积如山，而八旗军士兵双脚踩踏尸体继续冲锋，攻占了城墙。
扬州城陷入巷战。史可法眼见破城，持刀要自杀。参将许谨阻止了史可法，而血溅许谨衣服。史可法没死去，便命令史得威亲自杀他，但史得威拒绝了。许谨和史得威等亲兵一起，簇拥着史可法下城，一路巷战突围到了小东门。此时副将庄子固、参将张友福、许谨，和龚士杰的二十七名骑兵，都已经身上被箭矢射中战死，只剩下史得威随从。很快又遭遇了一批八旗兵。
史可法大呼曰：“我史督师也！”被擒住后，史可法拒绝投降而被杀。这队八旗兵很惊喜，扣押史可法到城上钟鼓楼，见豫王多铎。多铎再三劝说，但史可法坚决求死。于是多铎说：“既然你是忠臣，就要杀你以全你的名节。”史可法说：“城已经失守，我死无悔恨，但清军已经攻陷扬州城，请宽待民众。因守城而死者，只有我死就足够了，勿杀扬州人。”多铎没答应，只是下令斩杀史可法。而八旗军愤恨史可法的抵抗，于是肢解分裂了史可法的尸体，死无全尸。
幕府士兵义勇在大街小巷继续抵抗。清军多铎，传令屠城扬州。当天，幕府有一些队伍撤退到邵伯镇。应廷吉则带队撤退到赤岸湖埜人湾，继续等待各队伍汇合。
二十六日，忠贯营许大成，带队撤退到邵伯湖北端的三沟闸，掘开河堤，淹没道路，阻挡清军。许大成带队坐船到东边沿海的富安场。
二十九日，扬州城彻底沦陷，前后五天巷战死者众多。还幸存的幕府队伍陆续撤到郊野，聚集在邵伯湖。清兵此时开始攻击邵伯湖。幕府军最终各自离开了。李成栋队伍驻扎在高邮城，已经归顺清朝，但没攻击幕府军，而是让幕府军各自离开。
都抚卫允文沉水自杀。忠贯营何刚、吴尔埙，投井自尽。知府任民育，在官府自杀，全家投井自尽。兵部右侍郎张伯鲸，战死。同知曲从直及其儿子，战死在东门。督修重城同知王缵爵、运使扬振兴，被杀。知县周志畏、罗伏龙，以及他们家人都被杀。两淮运使杨振熙，监饷知县吴道正，县丞王志端，训导李自明，都战死。南门施诚庵，在钞关门中箭死。礼贤馆的幕客，有十九名死于扬州。卢渭，死于钞关河。归昭，死于西门。顾起龙、龚之厚、陆晓、唐经世和另外十三人。
都督刘肇基，分守北门，先在城上发射火炮，又率亲兵四百人巷战，全军战死。副将乙邦才，自杀。副将马应魁，披白甲，书“尽忠报国”四字于背，巷战死。副将庄子固，先率七百士兵入扬州城防守，又与参将许谨一起巷战，中箭死。又有副将楼挺、江云龙、李豫、王思诚、参将陶国祚、冯国用、陈光玉、李隆、徐纯仁。游击李大忠、孙开忠。都司姚怀龙、解学曾。十三人，俱巷战死。
高家军，都司程秀夫。
扬州的士民死者众多，其中包括儒生高孝缵，在学宫遗诗后自杀；王士琇设庄烈帝位，哭泣祭拜，与弟自缢死；王缵、王绩、王续昆季三人，沉水死。武生戴之蕃、义勇张有德、医士陈天拔、画士陆榆、市民冯应昌、舟子刘某，都战死扬州。又有史可法的家人史书者，一起死去。
结语
史可法的一生虽然短暂，却充满了荣耀与悲剧。他不仅是明末抗清的名将，更是民族英雄，其忠诚和勇气激励着后人面对困难时勇往直前。在今天看来，史可法的故事仍然具有深远的意义，提醒我们在国家危难之时，应当挺身而出，为国家和民族的尊严而战。