经过总部基地建设指挥部一个月的忙碌，北辛村片区约2100余亩土地，完成征收工作。土地加上房屋拆迁、农作物、附着物补偿总计花费约8万余两银子，平均约40两一亩。
徐霞客、茅元仪领导地图勘测研究部测绘出总部基地的地形图，地形图仅达到现代地形图三四成的水平，地图勘测研究部的测绘水平还需努力提高呐。
好在该地块地势比较平坦，可以勉强凑合使用。朱由校亲自操刀，在王富贵、徐霞客、茅元仪等人的配合下开始进行规划设计。
作为21世纪的开发商，规划建设2100亩土地，只要有银子，轻松愉快。项目建成后必将成为这个时代的标杆，引领大明的规划、建筑方向。
整个总部基地项目命名为香山书院。
香山书院规划正南北、正东西三纵三横六条主干道。
最南侧的东西主干道命名为香山南路，最北侧的东西主干道命名为香山北路，居中的东西主干道命名为香山大道。
最西侧的南北主干道命名为香山西路，最东侧的南北主干道命名为香山东路，居中的南北主干道命名为香山中路。香山东路位置基本同现代的香山南路。
六条主干道规划为双向6车道，单个车道35米宽，道路居中规划2米宽隔离带，道路两侧规划10米宽人行道，总宽度43米。最大坡度百分之三。
香山南路与香山西路交汇于静翠湖，再规划一条连通香山寺、来青轩的道路，命名为香山路。香山路规划为双向2车道以及5米宽人行道，总宽度12米。
六条主干道形成田字形，将香山书院平均分割为长宽各550米的四个区域，设计3米高围墙进行全封闭。
西北区域规划为工业研发区，西南区域规划为教育区，东北区域规划为畜牧养殖区，东南区域规划为农业试验区。
香山北路以北40米规划东西向的香山北支路，香山北支路双向2车道、5米宽人行道，总宽度12米。
香山北支路两侧以及香山北路北侧规划为香山农民新村，修建三排还房安置北辛村的拆迁农民。
香山农民新村总规划200家宅基地，相邻宅基地之间间距3米。每家宅基地面宽15米，进深18米，占地面积270平米，设计2米高围墙进行全封闭。
指挥部提供5套独栋别墅设计图纸供拆迁农民选择，并按照各家选择的设计户型进行修建。5套别墅设计图纸总体设计为前庭后院，两层楼坡屋顶框架结构，只是根据各家的实际需求，户型上进行了调整。
家家住别墅，大明第一村。
所有拆迁农民安置到香山书院各部门工作，成为大明首批农转非安置户。
香山农民新村居中位置规划修建村民活动中心，可满足村办公室、村民休闲娱乐以及举办村民大会或红白喜事使用。
整个香山书院规划范围内的坟全部搬迁，指挥部在香山物色一处风水好的地势，统一规划修建香山新村公墓，每座墓地平均占地4平米。
以后香山农民新村的村民过世，必须入住公墓，严禁另外择地无序建设坟地，毁林毁地，与活人争抢土地。
整个香山农民新村目前仅有约60家拆迁户，还房总建筑面积约平米。其它140家宅基地作为香山农民新村未来子孙发展预留用地。若超出此规划，将进行有计划的移民。
工业研发区内居中规划正南北、正东西两条内部支路，内部支路规划为双向2车道以及5米宽人行道，总宽度12米。南侧支路进出口规划为研发区大门。
两条纵横内部支路将工业研发区分割为长宽各270米的四个区域，设计2米高围墙进行全封闭。
西北区域规划为重工区，西南区域规划为轻工区，东北区域规划为宿舍区。东南区域规划为生活办公区。
轻工区、重工区各规划3排每排4栋的单层标准厂房。标准厂房长60米宽27米高9米，单栋面积约1650平米。另规划部分办公管理用房。
宿舍区规划5排每排6栋的两层宿舍楼。宿舍楼长36米宽18米高3米，带独立卫生间、生活阳台。单层18个房间约650平米。
集体宿舍共计30栋，其中20栋规划为普通工匠、管理人员居住，每间房间居住4人，可容纳2800人居住。其中10栋规划为高管和高级技术人才居住，设计为单人间，可容纳360人居住。
生活办公区北侧规划三栋单层公共建筑，公共建筑长60米宽27米高45米，规划为公共食堂、公共澡堂、锅炉房等。
生活办公区东侧规划一栋单层公共建筑，公共建筑长60米宽27米高45米，规划为休闲娱乐多功能大礼堂。
生活办公区南侧规划三栋两层办公楼，办公楼长36米宽18米高3米。办公楼前规划为排球、篮球以及标准400米田径运动场。田径运动场内规划为长110米，宽70米的标准足球场。
整个工业研发区总建筑面积约7万平米。
教育区规划为皇普学堂新校址，居中规划纵横两条内部支路，将教育区分割为四个区域。南侧支路进出口规划为皇普学堂大门。
西南区域规划为田径、排球、篮球、足球等运动区。东南区域规划为教学区。西北区域规划为宿舍区，东北区域规划为教师办公和住宿区。
运动区北侧规划三栋单层公共建筑，公共建筑长60米宽27米高45米，规划为公共食堂、公共澡堂、锅炉房等。
宿舍区规划5排每排6栋的两层宿舍楼。宿舍楼长36米宽18米高3米，带独立卫生间、生活阳台。单层18个房间约650平米。每间房间居住4人，可容纳约4300人居住。
教学区南侧规划三栋单层公共建筑，公共建筑长60米宽27米高6米，规划为多功能大礼堂、多功能教学用房、学生室内活动中心、实验室、图书馆。
教学区由南向北规划4排每排4栋的单层教学楼。教学楼长40米宽15米单层层高36米，单栋教学楼设计七间教室和一间教师办公室以及公共卫生间。
教室标准尺寸长9米、宽6米。每个教室按照40人计算，112间教室，最高可容纳约4400人就读。
教师办公和住宿区居中规划纵横两条内部支路，分割为长宽各130米的四个区域。设计2米高围墙进行全封闭。
西南区、西北区规划为教师办公、科研用房、值班宿舍等。东南区规划为教师宿舍。东北区规划三栋合院别墅，一栋作为朱由校的办公、居住用房，两栋作为身边工作人员、安保人员的办公、居住用房。
整个教育区总建筑面积约5万平米。
整个香山书院总建筑面积约14万平米。所有建筑基础采用人工挖孔桩技术，内部主体结构采用钢筋混凝土框架结构，屋顶采用钢筋混凝土坡屋面，外覆盖青色琉璃瓦，红砖砌墙，抗震八级，设计避雷设施。窗子安装采用实木小方格镶嵌平板玻璃的玻璃窗，通风采光，通透敞亮。
整个香山书院的道路全部修建为水泥路面，道路两侧人行道上种植行道树。人行道下埋置了直径两米的钢筋混凝土下水管道。预留水电气通道，防止二次开挖。合理规划绿化景观。
香山书院全面应用自来水，在香山水帘洞修建中型饮用水库，从水帘洞水库铺设供水管道，直达香山书院。水帘洞水库作为香山书院的饮用水源，派专人进行巡逻维护，保障水源安全卫生。
有了自来水，每栋建筑外围单独铺设消防管道，防火无小事。