十二月中旬，国民军第七师逼近昆明之际，昆明城内爆发大规模兵变，一群不愿意死战的滇军将领率兵攻克了新中华民国总理府邸，也就是唐继尧的官邸，抓获了唐继尧和其他一群滇军核心高层，孙文在得知兵变之后，在最后一刻和黄兴以及宋教仁等人登上了火车逃往法属越南，准备再一次流亡日本。
到了现在，新中华民国不怪是政治上还是军事都已经全面失败，甚至连和谈的资本都没有留下，云南昆明内不是没有人想要和陈敬云祈求和谈，甚至陆荣廷和唐继尧两人已经相继先后给陈敬云发电，表示愿意服从南京中央政府云云，所求的只是陈敬云放他们一马，但是这两个人和段芝贵一样，在这一场的西南叛乱中，段芝贵顶多算是从犯，但是唐继尧和陆荣廷这两个人却是核心，而且他们祈求和谈时也没有段芝贵的爽快，段芝贵可是在和谈的一开始就表示主动放弃四川的统治权，甚至言明只要保住他的第十一军军长职位，那么第十一军就可以按照其他北洋降军的改编方式，并服从国家军事委员会的调遣离开四川。
陈敬云对待投降将领是怎么的是大家都看在眼里，曹锟、徐树铮等人现在都还获得好好的，何宗莲甚至因为在青岛战役上发挥出色因此获得了一枚白银双剑勋章，所以段芝贵对陈敬云开出来的条件还是表示了满意，甚至段芝贵对比了下段祺瑞的待遇，觉得自己的待遇可要好多了，段祺瑞虽然贵为参谋部常务次长，但是实际权势已无，而他段芝贵保住这个第十一军军长职位的话，日后还是坐镇一方的大将。
陈敬云这一次发动西南战役，为的就是从根本上铲除这些军阀，不过段芝贵如果是真的能够放弃四川彻底投诚国民军的话，陈敬云不介意让段芝贵继续保持荣华富贵。
当双方都有了类似心思后，秘密的谈判很快就开始，并在短短两天内就达成了秘密协议，而且这还只是一个口头协议。段芝贵放弃四川的统治，但是保持第十一军军长职位，第十一军的两个师以及一个混成旅保持番号，但是将要按照依旧的北洋降军进行改编，换句话说除了段芝贵继续当第十一军军长，以及保住两个师长和一个旅长外，其他的中低级军官一律替换。
陆荣廷并没有冒险再去柳州，而是直接转道西行往云南而去，不出陆荣廷的预料，柳州仅仅抵挡了两天后就是宣告失守，桂军的那一万多残兵被击溃，除逃出去了少量溃兵外，大部分被第十一师所歼灭。
谢汝翼得知自己即将被押送到南京后，就自认被押送到了南京后，肯定是会被当成叛徒的典型，兴许一个卖国罪就得背上了，身为一个军人，为了手下两万多士兵的性命他可以宣布投降，但是他依旧有着军人的荣誉，他是为了共和而战，是绝不愿意看到自己背上叛国罪的那一天的。为此他在宣布投降的第二天吞枪自杀，并留下遗书称自己自辛亥来为了共和反清，率兵进川援四川革命，前年派兵平西藏叛乱，自认自己一生为了中国之共和而战，长沙一战亦如此。
西南叛乱的平定，这对于刚成立没多久的中华共和国来绝对是一件大喜事，随着广西、贵州、云南相继纳入南京中央政府的统治，四川的段芝贵也是顺从地接受了陈敬云的调令，第十一军在经过整编之后，第三十一师被调往广东，而第三十二师则是被调往湖北地区，四川第一混成旅被改编，获得了第六混成旅的番号，随即被命令进驻西藏，而段芝贵的第十一军军部则是调往山东，接受另外几支国民军的部队。
得知谢汝翼自杀后，陈敬云看这谢汝翼的遗书，心里的感觉很奇怪。从心底来说，他对谢汝翼，乃至对唐继尧这些人都没有什么憎恨的心思，甚至谈不上反感这个词汇，更多时候他不是把唐继尧和陆荣廷当成敌人，而是当成了对手，争霸九州的对手。而对谢汝翼，他就更谈不上反感了，相反他对谢汝翼前些年派兵进藏平叛还是保持相当的敬意的。
当国民军在广西和贵阳大肆进军的时候，准备多时的国民军第六师以及其他部队也是对川东的段芝贵部队发动了进攻，段芝贵和唐继尧等人不一样，他并没有把主力都派到了川东，手下的好几万主力都留在重庆呢，本来按照他的想法那是国民军的主力自然有着桂军和滇军挡着，那么他的敌人到时候顶多也就是几万的国民军而已，那时候要挡下来并不是难事。可惜的是他高估了滇军和桂军的战斗力，这开战一个月不到，湖南就被国民军占领了，广西也是被占领了小半，更关键的是滇军和桂军主力尽失，接下来根本就无法有效的阻挡国民军的进攻步伐，如此情况下，段芝贵就不得不考虑自己的下一步动作了。
十一月二十五号，随着国民军逼近桂林，城内桂军又是乱哄哄的，所以陆荣廷最后是带着他的在桂林的唯一嫡系部队第五军教导团的两千多人南下柳州，本来他想去柳州然后是带着第十二师和第十四师的以及第七混成旅的残部推向广西西部，然后进入云南。可是他还没有走到柳州的呢，第十一师的主力部队就已经抵达了柳州并对柳州展开了进攻。
而桂军在湖南也是早就战败，逃回来的残兵最后汇集到了桂林，而第十二师和第十四的一万多残兵则是退到了柳州。短时间内，桂军就已经只剩下了三万人不到，只靠剩下的柳州和桂林苟延残喘而已。
西南进行到十二月的时候，广西和贵州已经是落入了国民军的掌控当中，国民军的主力部队已经逼近云南，段芝贵的第十一军也是肃清了滇军在四川的留守部队。
然而有时候个人的心思却是一文不值的，陈敬云尽管对谢汝翼有着相当的好感，不过他却不会因此而做出什么不恰当的事情来，所以他只是说叹了口气后就是把这电报扔下。
相对比唐继尧的悲惨，陆荣廷的运气要好很多，在贴身两千多人的保护下，他一路硬是在国民军第十一师的追击下走到了中越边境，并带着他的两千多教导团进入了越南，国民军迫于国际政治压力也没敢追进，只能眼睁睁的陆荣廷进入越南。陆荣廷进入越南后并没有和孙文等人一样流亡日本，而是竟然打算越南北部扎下根来，和前来围剿的法军干了好几仗，法国精力都在国内应对战争，在越南根本就没有多少兵力，所以在围剿不成功后，就是干脆睁一只眼闭一只眼先不管了，在越北扎下根来的陆荣廷一边招揽旧部，一边扩充实力，短时间内就把势力蔓延到了缅甸地区，并且为了养军还大种特种鸦片，很有着往毒枭的方向发展的势头……
段芝贵虽然没了以往的风光，但是总算是保持了上将军衔和第十一军军长职位，这下场可比阎锡山、唐继尧和陆荣廷以及陆建章等四人要好的多，阎锡山在兵败进入陕西，陕西也被国民军攻占后，阎锡山和陆建章两人都是逃走，陆建章不知所终，而阎锡山则是成功的一路潜逃到了武汉日本使馆，并乘坐日本的军舰抵达上海租界，随后逃往日本。
而大规模清扫活动发起之时，中华共和国的第一次国会选举和总统选择也是正式开始了！
这样就导致陈敬云连和谈都懒得和谈了，准备直接收拾掉了事，而这样也可以威慑后来者，叛乱独立不是可以随便玩的，既然要玩就要有承担严重后果的心里准备。
段芝贵的中途反叛，更是让已经摇摇欲坠的新中华民国变的四分五裂，就连孙文也是没有了往日的那种激|情尽心筹款演说了，尽管国民军的兵锋还在贵州内并没有波及到云南，但是昆明依旧洋溢着一种绝望的气息！而广西桂林的情况比昆明还要更糟糕，云南好歹还没有面临着战火，但是此时的广西却已经战火四燃，梧州的失守一下子就把广西推到了全面奔溃的边缘，国民军第十二军四处出击，其第十四混成旅北上占据了贺州，而第十一师的一团南下南宁，和龙济光的第二十四师里应外合，将南宁的桂军第八混成旅击溃。
桂林内由败兵组成的部队根本就无力进行布防，而下面的那些士兵们也都知道战败在即，逃兵的数量一天比一天多，而留下来的那些士兵们也不思如何打仗，反而是端着枪在桂林大肆抢劫。桂林的秩序已经崩溃，就连陆荣廷都已经无法掌控。
唐继尧没有和谢汝翼一样在被抓获后自杀，反而是顺从的被押送到了南京，随即被公开审判，最后以叛国罪被判枪毙，随同唐继尧一起被以叛国罪枪毙的还有新中华民国政府里的前军政要员二百余人，基本上除了那些主动投降的将领外，其他被抓到的都被枪毙，对于敌人陈敬云向来是不手软的，所以那些被判有罪的前护国军要员们基本就一个下场，那就是枪毙，没有任何人能享受到被关押的福利。
在谢汝翼度过了风光无比的十余天后，他手下的十余万部队就是迅速崩溃到今天只剩下两万多人而已。心灰意冷的他在国民军赶到怀化之后根本就没有心思抵抗，而是主动宣布投降，林成坤也没有为难这个曾经一度逼的自己危险丛生的对手，而是给予了他相当体面的待遇，并准备把他护送到长沙后，转道押送回南京。
而唐继尧和陆荣廷到了最后的一刻都只是说放弃部分地盘，但是依旧想要保持半独立性，比如唐继尧就表示他只要保住云南，可以放弃贵州和四川的那些地盘。
双方一达成了这个口头协议后，段芝贵就是在十一月二十号发布了拥护中央的通电，而与此同时他的第十一军也开始对四川南部的滇军展开了进攻，这也是协议的一部分，既然要保住第十一军军长的位置，那么段芝贵就得拿出他的本事来。
1914年过去后，国民军已经从军事上实际控制了全国，尽管在西部地区的兵力极为薄弱，当地依旧存在着大量的非法武装，但是西部省份的重要城市已经被国民军所控制，那些非法武装也因为规模太小而无法影响大局，接下来的事情就是需要来一场大清扫，把西南诸省和西部诸省的大量非法武装，比如那些小军阀、土匪之流给清剿掉。
“长沙一战十余万云贵子弟为共和而牺牲，翼岂能独活人世。临去只恨十万云贵子弟的鲜血亦不能为国家带来共和，惜之，恨之！”
山西、陕西先后收复后，国民军并没有停止西进的步伐，而是部队继续西进，接受甘肃、青海以及新疆地区。
谢汝翼的死并不能阻挡国民军横扫西南诸省的事实。
两天后，国民军攻占桂林，梧州、南宁、柳州的先后失守再到现在的桂林也被国民军所占领，从军事意义上来说广西的抵挡已经完全消失，剩下的就是国民军的自由进军了。
于是乎段芝贵在考虑了许久后，终于是做出了一个重要的决定，那就是赶在国民军进攻重庆之前和国民军进行谈判，尽量的为自己争取更好的条件，至于独占四川的想法他也是知道不现实了。不过独霸不了四川，但是如果陈敬云给出的条件足够优惠，那么他段芝贵也不介意居于人下。
谢汝翼的投降对于整个护国军来说带来了严重的士气打击，要知道谢汝翼可不是普通人，他之前历任第七军军长，中将军衔。随后被调到了湖南，唐继尧和陆荣廷宣布独立成立护国军后，他就任护国军第一军军长，长沙战役的最高指挥官，并晋升为上将军衔。
可以说他是滇军之下仅次于唐继尧的第二号人物，在整个护国军体系里，他也是和陆荣廷、段芝贵这两个人相差无几的。
广西挡不住了，贵州那边也好不到那里去，唐继尧带着第二十师抵达贵阳时，整个贵州已经陷入了前面崩溃的前兆，唐继尧虽然收拢了部分的残兵，但是最后连忙第二十师加在一起，唐继尧手上也不过才四万多人而已，而这个时候段芝贵的第十一军已经从成都和重庆两个方向出兵攻打滇军，滇军在四川的留守部队抵挡不住先后溃败，四面溃败之下，唐继尧也是认为无法在贵州挡住国民军了，所以他立马就是带着四万多的残兵又是往云南而撤退。