摩尼教中国旧译“明教”、“明尊教”、“二尊教”、末尼教”、牟尼教”等，于公元三世纪在波斯兴起，三至十五世纪在亚、非、欧很多地区流行，大约在隋唐时传入中国新疆地区。
唐延载元年（694年）传入汉族地区，“波斯国人拂多诞，持二宗经伪教来朝。”
开元七年（711年），吐火罗（今阿富汗）支汗那王帝赊上表唐玄宗，献上一个能解天文的摩尼教法师大慕闇，乞求玄宗为其置法堂供奉传教。
摩尼教传入中国内地后，在民间产生了一些影响。
唐玄宗于开元二十年（732年）发布敕令，禁止唐人信奉摩尼教，但不禁来唐的西方胡人信奉。
摩尼教传入新疆后，又传入当时居住在漠北的回纥，并被回纥尊为国教。安史之乱爆发后，唐朝曾两次向回纥借兵平叛。
由于回纥平叛有功，唐朝对其非常优待。因回纥敬信摩尼教，唐朝解除了天宝以前不许唐人信仰摩尼教的禁令。
摩尼教借助回纥之势，在中国内地大力传播，从至德元年（756年）至会昌二年（842年）近百年内得到迅速发展。
当时不少立有战功的回纥人被准许留驻大唐京师长安，在府宅置摩尼院，供养摩尼师。
大历三年（768年），唐朝“敕回纥奉末尼者，建大云光寺。”
大历六年（771年），又应回纥之请，于荆、扬、洪、越等州，各置大云光明寺一所。
贞元四年（788年）回纥改名回鹘，元和二年（807年）回鹘使者奏请唐朝于“河南府，太原府置摩尼寺三所。”获得批准。
由此可见，摩尼教在回鹘的庇护下，从大历三年（768年）至元和二年（807年）40年间，从京师长安扩展到今山西、河南、湖北、江西、江苏和浙江等省广大地区，成为外来诸教中除佛教以外影响较大的一种宗教。
有些唐人也信奉摩尼教，长安人吴可久“奉摩尼教，妻王氏亦从之。”摩尼师多精通天文，《唐会要》记载：“贞元十五年（799年）四月，以久旱令摩尼师祈雨。”
在回鹘与唐朝的交往中，摩尼师占有重要地位。回鹘遣使唐朝时，几乎都有摩尼师偕行。一方面回鹘倚仗摩尼师出谋划策，一方面是为抬高摩尼教在唐朝的地位。
唐朝为利用回鹘，也不得不尊重摩尼教。唐朝在给予回鹘使臣赏赐物、财产时，摩尼师也享有同等的待遇，有时还通过摩尼师在唐与回鹘之间进行调和。
开成五年（840年），回鹘为黠戛斯打败；因过去回鹘恃功在长安横行不法，特别是每年以大批弱马强行换取唐朝数以万计的绢帛，引起唐朝不满，故乘机打击回鹘的势力，摩尼教也遭到排斥。
会昌二年（842年），唐朝借口“缘自闻回鹘破亡，奉法者因兹懈怠，蕃憎在彼，稍似无信，吴楚水乡，人性嚣薄，信心既去，翕集至难。”
下令暂时封闭江淮地区的摩尼教寺院，名义上说“待回鹘本土安宁，即令如旧。”实则将其取缔。
会昌三年（843年）唐大败回鹘乌介可汗，诏令在长安及洛阳的回鹘及摩尼寺庄宅钱物等，由功德使、御史台及京兆府各差官点检收抽，钱物纳官。
并“敕天下摩尼寺并令废罢”，“有司收摩尼书若象，烧于道”，并令“天下摩尼师，剃发，令著袈裟，作沙门形而煞之”，仅京城一地，就有“女摩尼72人死，及在此国回纥诸摩尼，配流诸道，死者大半。”
两年后唐武宗大规模“毁佛”，同时取缔一切外来宗教，摩尼教等教徒被勒令还俗，充国家两税户，外国人则送远处收管。
摩尼教遭此打击，在中国内地之势开始转向衰落。
随着回鹘的西迁，摩尼教在中国西北一带却有了进一步发展，相当兴盛。
五代两宋时期，摩尼教与佛教道教进一步融合。北宋时摩尼教攀附道教，崇道的北宋统治者对其十分优容，在今福建、浙江、江苏、江西和安徽等地十分流行。
南宋时期，东南一带摩尼教更加活跃，名目繁多，淮南称二桧子，两浙曰牟尼教，福建曰明教等。尤以福建明教为盛。
当时摩尼教也常被农民用作组织民众反抗封建统治的工具。
贞明六年（920年），后梁陈州人毋乙、董乙以摩尼教发动民众造反。
后唐、后晋时农民利用摩尼教进行反抗斗争之事亦“时复潜兴”。
北宋末年，方腊以明教发动农民起义，攻占七州四十八县，声势遍及今浙江、苏南、皖南和赣东北。
后起义被镇压，明教亦遭禁止，北宋统治者将其诬为“吃菜事魔”的邪法魔教。但民间信仰明教的习俗无法禁绝，南宋时期仍有农民利用摩尼教组织民众起义，摩尼教遭到更严厉的禁止，不得不转入秘密传教。
元初，统治者允许摩尼教传教，东南一带摩尼教得以恢复和发展。元中叶农民又利用摩尼教从事反抗斗争，摩尼教于是再次被禁止，在民间转入秘密活动。
明太祖恶明教上通国号，遂欲毁其宫宇，摈逐教徒。因一些大臣乞请保留，才置而不问。
但明初朝廷仍视明教为左道乱正之术，律令规定，凡以此煽惑民众，为首者处以绞刑，从者杖责一百，流放三千里。
因此摩尼教至明代已趋衰败，但民间仍有传习者。清初沿袭明律禁止摩尼教。
摩尼教从唐以来，经历代与佛、道等融合、变化，已逐渐从朝野记载中消失。