云南布政使司驻地为云南府。
云南下辖共二十二个府，这些府包含了三十八个散州和二十四个府属县，同时还有五个不辖县的直隶州。
单看府的数量并不多。
但是
明朝一共才有一百六十三个府。
仅云南一省的府数就占了总数量的百分之十三！
之所以设置这么多府，原因是当地土官数量太多。
有明一朝，共在云南共设置了三百三十多家土官。
土官又称土司、土酋。
是朝廷赐给当地少数民族首领的职务。
土官主要集中在西北和西南等少数民聚集地，分文职和武职。
武职分别有宣慰使、宣抚使、安抚使和招讨使等；文职则有土知府、土知州、土知县等。
不管是文职土司还是武职土司，都归吏部管理。
朝廷会给予符印证明其官方身份，土司则向朝廷缴纳赋税并承担征发（主要是征兵）。
除此之外，土官还在其辖区内拥有绝对的统治权力。
简单来说这些土官就是当地的土皇帝。
精明能干且忠诚的土官确实能帮助朝廷治理好地方。
例如马千乘，秦良玉夫妻。
但是如果土官叛乱，将会给朝廷带来非常大的麻烦。
如播州之役的杨应龙，奢安之乱的奢崇明和安邦彦。
他们的叛乱不但让当地百姓流离失所，还让大明财政陷入了危机，将大明拖入泥潭。
面对土官的威胁，大明朝廷自永乐时期就开始了改土归流。
（改土归流的意思是废除当地土司制度，像内地一样改由朝廷委派流官治理，又称改土官为流官。）
永乐十一年，平定贵州思南和思州的叛乱后，朱棣废除了两地的土司制度，改由流官治理。
平定这次叛乱的经过带有一丝传奇色彩。
朱棣为了平定这次叛乱准备了五万大军。
结果根本没用上。
在大军出发的同时数百锦衣卫也从京师出发，先大军一步潜入了思南和思州。
孤军深入的锦衣卫在思州城擒获了思州宣慰使田琛，将其押解进京。
另一伙锦衣卫更厉害。
他们翻山越岭来到思南地区，悄悄摸进思南宣慰司衙门大院，抓获了将正在睡梦中的思南宣慰使田宗鼎。
由于在撤离途中被敌人发现，锦衣卫只能将其活活捅死然后扬长而去。
其后的成化，正德，嘉靖，万历，天启都进行了不同程度的改土归流。
到了崇祯年间。
在内忧外患的困扰下。大明朝廷暂时停止了改土归流，试图用这种方式换取这些地方的安宁。
面对西南土司问题，崇祯试想过先发制人。
但也仅仅停留在试想阶段。
云南的情况比贵州、广西还要复杂。
因为这里不但有错综复杂的少数部落，还与安南（越南），老挝，暹罗（泰国），缅甸接壤。