然而，由于缅军顽强抵抗以及水土不服导致清军大量减员，加之阿里衮病逝、傅恒重病，形势对清军极为不利。在这种情况下，乾隆帝下令阿桂筹划撤军事宜，并于乾隆三十四年（1769年）底与缅甸方面达成和议。同年十二月，阿桂被任命为礼部尚书，负责处理战后的善后事宜，但由于他当时仍在云南，因此先由索尔纳代理其职。
与此同时，木邦、蛮暮和孟连等地的土司头目为了避免缅甸的威胁，请求清廷将他们安置于内地。阿桂建议将云南大理、蒙化一带原有的马厂官庄田地划给这些土司头目居住，这一提议得到了朝廷的批准。
乾隆三十五年（1770年），阿桂兼任镶红旗汉军都统。然而，由于缅甸方面未能履行议和协议，继续扣押清廷使者，乾隆帝对此感到不满，决定再次调整阿桂的职务，将其领侍卫内大臣、礼部尚书和镶红旗汉军都统等职全部革除，仅保留内大臣的职位，并命令他继续参与军务以求自赎。
到了乾隆三十六年（1771年），乾隆帝命令阿桂出偏师骚扰缅甸，试图通过消耗对方实力后再行大规模进攻。然而，阿桂则建议应当大举攻缅，这一提议并未得到乾隆帝的认可。相反，乾隆帝认为阿桂的建议不合时宜，并通过手诏严厉批评了阿桂，剥夺了他的官职，但允许其留在军营效力。
五、金川元功
乾隆三十六年（1771年），正当阿桂因缅甸事务屡遭贬斥之际，四川金川地区的形势再度紧张，清朝的注意力从缅甸转向金川。这一变化为阿桂提供了洗刷旧耻、建立新功的机会。
金川地区自乾隆十四年（1749年）清军平定后，虽然暂时恢复了平静，但由于该地区仍由土司管理，各土司之间时常发生争端。乾隆中期以后，大金川土司莎罗奔年老，其孙索诺木开始主持土司事务，并不听从清廷的劝诫，频繁侵犯邻近土司。乾隆三十六年（1771年），索诺木诱杀了革布什扎土司，而小金川的僧格桑也攻打鄂克什和明正土司，公开对抗清朝军队。面对这一局势，乾隆帝命令大学士、定边将军费莫·温福自云南赴四川，率军征讨。
温福鉴于阿桂熟悉四川的情况，决定带他一同前往金川战场。同年十二月，阿桂抵达金川后，由于四川提督董天弼在战场上表现不佳，阿桂被任命为代理提督。清军分两路进攻小金川，阿桂随温福从汶川出发，桂林则从打箭炉出发。在初期战斗中，阿桂率军接连攻克巴郎拉、达木和巴宗等要塞，展现出了卓越的军事才能。
乾隆三十七年（1772年）二月，阿桂继续推进，占领了资哩山和阿喀木雅等地，并因此被授予参赞大臣的职位。然而，桂林在墨垄沟的战斗中失利，被免职。阿桂随即被任命为南路指挥，成为独当一面的大将。阿桂抵达军营后，迅速制定了进军策略。他发现小金川僧格桑盘踞于小金川河北的美诺，而要想攻取美诺，必须先控制其门户僧格宗。为此，阿桂决定首先争夺甲尔木山的战略要地。
在八月的一个夜晚，阿桂利用大雾天气，带领部队秘密集结于墨垄沟，并在拂晓前突然袭击，成功抢占了甲尔木山。乾隆帝得知后，特颁旨嘉奖，并授予阿桂内大臣之职。十一月，阿桂攻占僧格宗，并在十二月被任命为副将军，与温福和丰升额共同进攻美诺。阿桂攻克美都喇嘛寺后，僧格桑被迫逃入大金川与索诺木会合。
阿桂与温福、丰升额会师美诺后，要求索诺木交出僧格桑，但遭到拒绝。乾隆三十八年（1773年），阿桂与温福、丰升额共同上奏，请求三路进攻大金川。此时，阿桂又被授予礼部尚书的职位。在进攻初期，阿桂等人连夺叛军多个要塞，进展顺利。然而，由于温福指挥失误并在战斗中阵亡，战局发生了逆转。索诺木趁机占据小金川，阿桂得知消息后，冷静应对，亲自断后，成功撤退至达河。
乾隆帝在热河行宫得知兵败的消息后，决定加强兵力，授予阿桂定西将军之职，并调派健锐、火器营及吉林索伦兵共四千人支援。阿桂迅速收复了小金川全境，乾隆帝对此大喜过望，赐诗表彰阿桂，并命其迅速转战大金川。
然而，大金川的防御远比小金川坚固，阿桂深知攻克难度较大。他做了充分准备后，于乾隆三十九年（1774年）兵分三路进攻大金川。经过两年的激烈战斗和围攻，在多拉尔·海兰察等将士的英勇冲锋下，终于在乾隆四十一年（1776年）正月迫使索诺木投降。阿桂妥善安置了大小金川“归顺”的藏族头领和一般人员，并设置了副将、同知等官职分驻其地，不久设立了懋功厅，废除了原有的土司制度。
阿桂在金川战役中的胜利极大地提升了他在朝廷中的地位。乾隆帝封其为一等诚谋英勇公，并晋升为协办大学士、吏部尚书、军机处行走。乾隆四十一年（1776年）四月，清军凯旋回朝，乾隆帝亲自到北京城南良乡迎接，并在紫光阁举行隆重的庆祝仪式，赐予阿桂紫缰和四开褉袍，以表彰其卓越的贡献。
六、赞襄枢要
乾隆四十二年至乾隆五十四年间，阿桂在处理京城政务的同时，也频繁被乾隆帝派遣到各地处理紧急和棘手的难题，其中最突出的一项就是治理河工和水利事务。从乾隆四十四年起，阿桂在数年间逐渐成为清廷“综理部务，赞襄枢要”的第一重臣，其地位不断提升，直至成为领班军机大臣。
乾隆四十四年（1779年）正月，黄河在河南仪封、兰阳等地决口，阿桂被派往治理。面对复杂的河工问题，阿桂决定在郭家庄开引河，并修建拦黄坝。然而，由于自然条件恶劣，加之气候多变，拦黄坝多次被冲毁。阿桂转而在下游王家庄修筑顺黄坝，以积蓄水势，迫使水流进入引河。这一方法最终在乾隆四十五年（1780年）三月奏效，决口被成功堵住。同年十二月，阿桂又被派往浙江勘察海塘工程。
乾隆四十六年（1781年），阿桂抵达浙江后，认真考察了海塘的实际情况，并进行了相应的修复工作。同年秋季，黄河再次在河南青龙冈决口，阿桂自甘肃赶赴河南，与河道总督李奉翰共同督导堵塞决口的工作。然而，在合龙时，副将李荣吉曾建议暂缓，但阿桂没有采纳。结果，合龙不久后大坝坍塌，黄河再次决口。阿桂自责并上疏自劾，乾隆帝则表示对阿桂的信任，并鼓励他继续努力。经过改进方案，最终在乾隆四十七年（1782年）四月，决口被堵住。
在接下来的几年中，阿桂继续被委以重任，多次前往河南、江苏等地治理河工。乾隆五十三年（1788年），荆州万城堤溃决，阿桂被派去勘察并提出解决方案。他主张先筑坝再挖引河的方法，以治理长江水患。尽管阿桂在治理河工方面的努力并未能彻底解决黄河泛滥的问题，但他确实减轻了水患带来的损失，并促进了农业生产的发展。
除治理河工外，阿桂还被委派处理甘肃地区的撒拉族、回族起义。乾隆四十六年（1781年），在马明心的支持下，苏四十三和韩二个领导的起义爆发。清廷紧急调派阿桂和和珅前往督师。阿桂抵达后，凭借精良的武器和兵力优势，成功镇压了起义，并采取措施压制新教徒。然而，这些措施激起了更大的反抗，导致了乾隆四十九年（1784年）的第二次起义。阿桂再次被派往甘肃，最终攻陷了石峰堡，结束了起义。
乾隆五十二年（1787年），台湾发生林爽文起义，阿桂在外地治水期间，被乾隆帝咨询关于用兵的方略。阿桂建议福康安应当扼守要害，分道并进，这一策略得到了乾隆帝的认可。
七、查办钦案
乾隆四十六年（1781年），甘肃发生了一场被称为“冒赈案”的贪污大案，这起案件是由阿桂揭露和查办的。当时，阿桂与和珅一同被派往甘肃镇压撒拉族和回族起义。在起义期间，甘肃地区时常下雨，这让乾隆帝对近年来甘肃官吏频繁上报旱灾并请求赈济的行为产生了怀疑。于是，乾隆帝下令阿桂和陕甘总督李侍尧调查此事。
阿桂和李侍尧经过调查后，发现了事情的真相。这起贪污案始于乾隆三十九年（1774年），当时的浙江布政使王亶望调任甘肃布政使。王亶望到任后，与陕甘总督勒尔谨合谋，将收捐监生的米粮改为折色银两，并年年虚报旱灾，以监粮赈济为名，将这些银两私分。这一行为严重损害了国家的利益和社会的公平正义。
乾隆帝得知此事后，极为震怒，并特别派遣侍郎杨魁到浙江，会同巡抚陈辉祖，将已经调回浙江的王亶望拘留审讯，并抄没了他的家产，查获了赃银一百多万两。在确凿的证据面前，王亶望不得不承认自己是如何私自改变监粮制度，指示兰州知府蒋全迪暗示各州县官员伪报旱灾，以及如何私分银两的罪状。
根据王亶望的供述，乾隆帝下达命令，判处王亶望死刑，并赐勒尔谨自尽。时任甘肃布政使王廷赞被判绞刑，并在兰州将蒋全迪斩首。同时，乾隆帝还命令阿桂彻查甘肃各级官员在此案中的不法行为，并规定凡冒赈私分银两在两万两以上的官员都将被处死。阿桂经过详细的调查和审讯，掌握了参与“冒赈案”的官员人数和冒赈银两的具体数目。最终，共有六十多名道府州县官员牵涉此案，其中二十二名官员被处决，其余的也根据情节轻重受到了不同程度的惩罚。
阿桂在查办完此案后，还上疏建议增设仓库，储存粮食，以便在需要时救济百姓。这一建议得到了乾隆帝的认可，并被采纳实施。
然而，这起案件并未完全结束。乾隆四十七年（1782年），有人举报闽浙总督陈辉祖在查抄王亶望家产时存在舞弊行为。乾隆帝再次命令阿桂前往浙江调查此事。阿桂抵达浙江后，严格审讯陈辉祖，并查明了陈辉祖在抄家过程中以银换金、隐藏玉器、抽换朝珠并将王亶望的赃物据为己有的罪行。陈辉祖因此被革职并被逮捕审问。
第二年（1783年）二月，阿桂又揭露出陈辉祖在任职期间，浙江省存在严重的钱粮亏空问题。乾隆帝对此极为不满，最终下令赐陈辉祖自尽。
八、力保晚节
乾隆五十四年（1789年），阿桂在视察荆州堤工后返回京城，开始了他在京处理政务的最后九年。这期间，他一直致力于处理朝中事务，直至嘉庆二年（1797年）病逝。此时的朝廷政局已逐渐被和珅及其党羽所掌控。和珅凭借其对乾隆帝心意的精准揣摩，深得皇帝宠信，并逐渐在朝中积累了极大的权力。
阿桂虽然身为领班军机大臣，地位高于和珅，但由于多年来频繁被派往各地处理紧急事务，实际上在京城处理政务的时间较少，这也给了和珅机会逐步掌控朝政。阿桂对和珅专权乱政的现象感到痛心疾首，但由于乾隆帝年事已高，加上自己也已是古稀之年，身体状况不允许他与和珅正面抗衡。因此，阿桂选择了保持距离，不与和珅同流合污。平时除了参加乾隆帝召见的议政会议外，他尽量避免与和珅接触。每当站在御阶旁时，阿桂总是有意与和珅保持十几步的距离，显示出一种“愕然独立”的态度。即使和珅主动与他商谈政事，阿桂也仅是敷衍应对，不与之深入交流。
乾隆帝对阿桂依旧保持着高度的信任与尊重。例如，乾隆五十六年（1791年），当阿桂的儿子、工部右侍郎阿必达去世时，乾隆帝特意赏赐阿桂一匣饼，并安慰他要“善自宽慰”。
乾隆五十年（1785年），清廷举办了千叟宴，阿桂被任命为宴会的领班。到了乾隆六十年（1795年），乾隆帝禅位于其子颙琰，自己成为太上皇。嘉庆元年（1796年），颙琰正式即位为嘉庆帝。在禅位仪式中，阿桂负责“奉册宝”。同年，清廷再次举办千叟宴，阿桂依旧担任领班。同年八月，阿桂迎来了自己的八十寿辰，太上皇乾隆帝赐予他“介眉三锡”的匾额，并赠送了“纯嘏懋勋延带砺，耆龄硕望重丝纶”的对联。九月，阿桂以耳聋为由，请求辞去兵部尚书的职务。十一月，因健康原因，阿桂正式退休，结束了长达几十年的仕宦生涯。
嘉庆二年八月二十三日（1797年10月10日），阿桂因病去世，享年八十一岁。嘉庆帝闻讯后，立即派遣使者前往祭奠，并追赠阿桂为太保。到了九月，嘉庆帝亲自前往阿桂家中致祭，并赐予葬礼，追赠谥号为“文成”，允许其入祀贤良祠。
乾隆时期，四次在紫光阁图画功臣像（定伊犁回部、定金川、定台湾、定廓尔喀），只有阿桂与海兰察“四次皆前列”。乾隆二十年（1755年），在平定西域之役中，阿桂位列前五十功臣的第十七位；乾隆四十一年（1776年），在平定大小金川之役中，阿桂成为首位功臣；在平定台湾之役中，阿桂仍是首位功臣；在廓尔喀之役中，阿桂本应因爵位高而列首位，但他谦让给主帅福康安，自己位列第二。到了道光三年（1823年）二月，宣宗爱新觉罗·旻宁下令将阿桂配享太庙西庑，位置高于福康安。