二十一日，康熙帝特别向靳辅表达了自己的感受和对治河的看法。靳辅听后立即表示了自己的观点：“黄河为患最大，为功最艰，目前急务，不得不治其大而略其小，故借减水诸坝，使决口水分势弱，人力易施。待黄河尽复故道之后，臣当更议筑塞减水诸坝。”这意味着靳辅将治河的重点放在解决黄河的大水患上，通过减水坝分散水流的力量，以便于施工。他承诺在黄河完全回归故道后，会进一步讨论关闭减水坝的问题。
康熙帝这次南巡还注意到治河民工的生活条件十分艰苦，他指示靳辅不能让贪官污吏克扣民工的食物供应，对他们应加以关怀和照顾。十一月十四日，在返回的路上，康熙帝将自己的诗作《阅河堤诗》亲笔书写赠予靳辅。诗中写道：“防河纡旰食，六御出深宫。缓辔求民隐，临流叹俗穷。何年乐稼穑？此日是疏通。已着勤劳意，安澜早奏功。”这首诗表达了康熙帝对治河的重视，以及他看到沿河人民生活贫困后，认识到只有治理好黄河，人民才能安居乐业的决心。他鼓励靳辅在已有的基础上继续努力，向着大功告成的目标前进。靳辅得到皇帝赠诗后，深受感动，决心更加努力工作。
根据康熙帝关于解决减水坝可能导致淹没民田问题的指示，靳辅在宿迁、桃源、清河三县黄河北岸堤内开凿了一条新河，称为中河。随后，又在清河西仲家庄建造了一座闸门，引导栏马河减水坝泄出的水流进入中河。这条新河连接张庄口和骆马湖的清水，下游则经过桃源、清河、山阳、安东等地，最终流入平旺河到达大海。漕船起初从清口出发，在河中航行，到达张庄运口。中河建成后，漕船可以直接从清口截流，穿过北岸，通过仲家庄闸，避免了走黄河一百八十里的危险路程。这项工程始于康熙二十五年（1686年），并于康熙二十七年（1688年）完工。
六、争论迭起
此时，靳辅仍然主张修建更多的减水闸，而康熙帝则认为减水闸虽然有利于河工，但对百姓并无益处，他命令靳辅对此进行详加考虑。康熙二十四年（1685年）秋季，靳辅考虑到河南位于上游，如有不慎，可能会导致下游的江苏地区发生淤淀，于是他开始筑建考城、仪封堤，以及封丘荆隆口的大月堤和荥泽埽工等。此外，还在睢宁南岸的龙虎山开凿了四个减水闸。不久之后，一场新的治河之争拉开了序幕。这场争论的起因与康熙帝有关。他注意到高邮、宝应等州县的湖水泛滥，导致大量民田被淹，因此提出要把这些地方减水坝泄出的水引到海里。这实际上是由于靳辅在治河方面取得了一定的成就，使得包括康熙帝在内的某些人提出了更进一步的要求。康熙帝任命安徽按察使于成龙负责此事，但仍需接受靳辅的领导。
在修治海口及下河问题上，于成龙与靳辅产生了分歧。于成龙主张疏浚海口以排泄积水，而靳辅则认为下河海口高出内地五尺，如果疏浚海口会引来潮水内浸，反而会带来更大的危害。他建议从高邮东车逻镇开始筑堤，经过兴化的白驹场，将所泄的水引导入海。堤内涸出的土地，丈量后归还给人民，剩余的土地则招募民众进行屯垦，收取佃价作为河工的费用。这一建议传到康熙帝那里后，康熙帝担心收取佃价会给人民增加负担，因此并未立即批准。
康熙二十四年（1685年）十月，靳辅接连上奏三份奏疏，分别是挑浚高、宝等七州县的下河使其入海，帮筑高家堰的堤岸，以及修理黄河两岸的堤防。靳辅在这几份奏疏中所持的观点与康熙帝和其他人有所不同。鉴于此事关系重大，加之正值寒冬季节，河工相对空闲，康熙帝决定召见靳辅和于成龙，让他们迅速进京，与九卿共同详细讨论此事。这次讨论持续了很长时间，首次讨论从十一月二十日至二十二日，连续进行了三天。第一天，内阁大学士明珠向康熙帝汇报了河工事宜，重点介绍了靳辅主张开凿大河，修建长堤，堤高一丈五尺，束水宽度一丈，以抵御海潮。于成龙则提出开浚原有的河道。两人意见相左，各执己见。这个问题提交到与会的九卿讨论时，大多数人都认为于成龙虽然是一名着名的清官，但在河工方面缺乏经验，而靳辅长期负责河务，已有一定的成效，因此倾向于采纳靳辅的意见。然而，通政使参议成其范、给事中王又旦、御史钱珏等人支持于成龙，认为他的意见更有道理。经过反复争论，清廷最终决定开浚下海，并任命礼部侍郎孙在丰负责此事。
这场争论对靳辅极为不利，不仅否定了他的意见，而且还使康熙帝对他的信任产生了动摇，这也引发了更多的人对靳辅展开了猛烈的攻击。例如，在关于开海口的争论尚未结束之时，工部就提出靳辅治河九年未获成功，浪费了大量的钱粮，应该交由部里严厉处理。康熙帝表示：“河工重大，因一时不能成功，即行处分，另差人修理，恐反致贻误。且俟一、二年后，看其如何？”由于得到皇帝的谅解，靳辅免遭革职处分，仍然保留原职。然而，康熙帝已经开始认为靳辅言辞浮夸，所说的不能完全兑现，于是开始寻求其他的解决方案。
一波未平，一波又起。康熙二十五年（1686年）年底，关于堵塞减水坝的争论再次掀起。尽管靳辅试图通过提出一些较小的问题来表明自己无意与孙在丰对立，但清廷仍然决定暂时堵塞高邮州、高家堰等处的闸门，并计划在次年堵塞黄河以南的各个堤坝。这使得靳辅越来越处于被动的局面。
七、跌宕岁月
康熙二十七年（1688年），对于靳辅来说是一段跌宕起伏、充满挑战的日子。这年正月，江南道御史郭琇上疏弹劾靳辅，指责他在治理河流的过程中，听命于陈潢，今天提议筑堤，明天又提议疏浚，浪费了数百万两白银，而且没有明确的终结期限。郭琇还批评靳辅将朝廷的职位作为个人恩惠，频繁更换河工官员，从未达到用人得当的效果。此外，郭琇还指责靳辅侵占民田，以屯垦为名，实际上却将收获的粮食跨省贩卖，并且违背皇帝旨意，阻碍开浚下河的工作。
紧接着，二月份，给事中刘楷上疏进一步批评靳辅用人不当，指出河工中的道厅官员中杂职人员众多，而治河成效甚微，每年只听到河水冲决的消息。御史陆祖修更是激烈地弹劾靳辅，使用了“积恶已盈”的措辞，并引用了舜殛禹的故事，暗指应当处死靳辅。
面对这一系列指控，靳辅感到非常委屈，他上疏为自己辩护。他列举了自己的成就，并逐一反驳了攻击他的人，如郭琇、于成龙、慕天颜、孙在丰等，揭露他们企图陷害他。靳辅特别指出，那些攻击他的人大多是在下河流域拥有土地的豪强地主，他们在自己的利益受到侵害时才会如此激烈地反对他。
康熙帝意识到这些针对靳辅的弹劾并不客观，因此决定给予靳辅一个申辩的机会。三月八日，康熙帝召集了大学士、学士、九卿、詹事、科、道，以及总督董讷、巡抚于成龙、原任尚书佛伦、熊一潇、原给事中达奇纳、赵吉士等人，让靳辅以河道总督的身份参加讨论。在讨论中，出现了两派观点：一方以董讷为代表继续攻击靳辅及其副手陈潢；另一方以佛伦为代表，虽然在为自己开脱的同时，还是支持靳辅。讨论过程中，靳辅与于成龙之间的矛盾尤为突出，康熙帝发现于成龙在河务方面确实缺乏足够的知识。最终，康熙帝决定革除靳辅的河道总督职务，并任命福建总督王新命接替他的位置，陈潢也被解除了佥事道的职务。
靳辅被革职后不久，就有臣下向康熙帝报告了两件事情：一是漕运出现阻滞的情况，有人建议派遣靳辅去解决；另一件是中河已经开通，这是对靳辅工作的肯定。这两件事情让康熙帝感到为难，他意识到靳辅在治河方面的贡献，并担心新任河道总督王新命可能会推翻靳辅的所有工作，导致前功尽弃。为此，康熙帝派大臣进行调查，并指示他们保留靳辅所制定的规章制度，不要轻易更改。
康熙二十八年（1689年）正月，靳辅被召扈从康熙帝南巡，沿途视察河务。在查看中河时，康熙帝询问靳辅当初是如何规划开浚中河的。靳辅解释说，这是根据康熙帝之前的巡视指示而提出的方案，开浚后不仅可以解决水淹民田的问题，还可以保障漕船的安全通行。康熙帝听后，指示王新命继续完成中河的善后事宜，并强调要加强遥堤和减水坝的建设。
三月，康熙帝基于南巡期间江淮百姓和船夫对靳辅的高度赞扬，以及亲眼见到靳辅治理的河道和加固的上河堤坝所取得的实际成效，认为之前对靳辅的革职处分过重。于是，他下令恢复靳辅先前的衔级，这是对靳辅名誉的一种恢复，但并不是恢复他的官职。
八、晚年
康熙二十七年（1688年）十一月，虽然靳辅已经被革职，但他仍旧承担起了临时性的任务。他与工部尚书苏赫一同前往通州运河进行检查，提出了在沙河建造水闸以蓄水，并在通州下游筑堤以约束水流的建议，这些措施都被采纳并实施。
次年，即康熙二十八年（1689年），靳辅再次被召随康熙帝南巡，沿路视察河务。这次南巡不仅是对靳辅专业能力的认可，也是对他之前工作的肯定。康熙帝在南巡期间亲身体验到了靳辅治河的成效，并在沿途听取了百姓和船夫对靳辅的高度评价，这使得康熙帝对靳辅的态度有了显着的转变。
康熙三十年（1691年）九月，靳辅又被委以重任，与户部侍郎博际、兵部侍郎李光地一同视察黄河险工。出发前，康熙帝特别提到靳辅“于河务最为谙练”，显示出他对靳辅的信任。靳辅在视察后提交了一份详尽的报告，报告中提到了黄河南北两岸无冲损的减水坝以及需要加固的地方，并绘制了相应的图纸供参考。这份报告被提交给九卿会议审议，并得到了一致同意，按照靳辅的建议执行。
康熙二十九年（1690年）三月，当漕运总督董讷提议将南旺河水引入北运河时，康熙帝再次召见靳辅咨询意见。靳辅建议通过在北运河两侧筑埽来约束水流，无需引南旺河水北流。这表明即使是在非正式的职位上，靳辅仍然以其专业知识发挥着重要作用。
到了康熙三十一年（1692年）二月，河道总督王新命因为贪污问题被揭发，康熙帝开始寻找合适的继任者。考虑到河务的重要性，他最终决定重新启用经验丰富的靳辅担任河道总督。尽管靳辅因年老体弱而试图推辞，但康熙帝坚持要求他出任此职，并安排顺天府丞徐廷玺协助他工作。
再次上任后的靳辅，尽管身体状况不佳，仍然全身心投入到了治河工作中。这一年，陕西西安、凤翔地区遭遇灾害，康熙帝下令截留漕粮用于救济。靳辅接受了运输漕粮的任务，并亲自监督运输过程，确保漕粮安全到达灾区。由于表现突出，他受到了康熙帝的赞赏。
然而，靳辅的健康状况日益恶化。即便如此，他依然坚持上疏，提出了关于黄河、淮河及运河后续治理的重要建议，并呼吁恢复已故陈潢及其他因河工受罚官员的名誉。七月二十六日，由于持续高烧，靳辅请求退休并得到了批准。
同年十一月十九日，这位为治河事业作出巨大贡献的专家不幸去世，享年六十岁。清廷按照规定给予了祭葬礼遇。康熙三十五年（1696年），清廷批准了江南人民的请求，在黄河岸边为靳辅建立祠堂，以纪念他的功绩。靳辅去世后被追赠为太子太保、工部尚书，并赐予“文襄”的谥号，以此表彰他对国家水利事业的巨大贡献。
结语
靳辅的一生是为治河而奋斗的一生。他不仅成功地解决了当时严重的水患问题，还为后世留下了宝贵的经验和教训。即使在他去世后的数百年间，他的治河方略仍然被人们所遵循和学习。可以说，靳辅是中国治水历史上的一个里程碑式的人物，他的名字将永远镌刻在中华水利事业的丰碑之上。