军事
击败贵霜
永元二年（公元90年），贵霜帝国君主卡德菲兹二世（《后汉书》称为“阎膏珍”[] ）发兵攻打西域，但被班超阻遏。贵霜久攻不下，便向龟兹借军粮，却被埋伏在路上的汉军截杀，贵霜方面只得求和，并时常向东汉纳贡。
讨灭匈奴
永元四年（公元92年）东汉连番重创北匈奴后，北匈奴西迁，漠北地空。其中有部分北匈奴退居伊吾附近，其首领于除鞬自立为新一任北匈奴单于，到蒲类海请求归降东汉。于是，东汉在伊吾地区设立“护匈奴中郎将”，领护北匈奴[] ，于是南北匈奴一并归东汉都护，东汉自此“并恩两护”[] 。此后，南北匈奴时有叛乱，但均被讨平。
永元五年（公元93年），北匈奴於除鞬单于叛乱，刘肇派遣“护匈奴中郎将”任尚将其讨灭[] 。同年，南匈奴单于安国叛乱，被骨都侯喜斩杀[] 。永元六年（公元94年），新降的北匈奴部众对南匈奴单于师子不服，于是十五部二十多万人皆反叛，拥立逢侯为单于，杀略吏人，焚毁庐帐，将车重向北方，欲渡漠北。九月，刘肇以光禄勋邓鸿为主将，统帅越骑校尉冯柱、行度辽将军朱徽、护匈奴中郎将杜崇征讨匈奴叛军，十一月，任尚率鲜卑大都护苏拔廆、乌桓大人勿柯八千骑兵，拦截逢侯军队于满夷谷，大破之；冯柱遣兵追击，再度击破，前后共斩首一万七千余级，逢侯单于便率众出塞[] 。永元八年（公元96年）五月，逢侯单于的左部投降汉朝，南匈奴单于师子认为其中的右温禺犊王乌居战曾与安国同谋，想要拷问他，于是乌居战便再度叛乱寇边，七月，刘肇派度辽将军庞奋、越骑校尉冯柱追讨叛军，斩杀乌居战。
征服西域
永元三年（公元91年）刘肇西巡期间，班超制服了西域的龟兹、姑墨、温宿等国。十二月，刘肇任命班超为西域都护，同时册封随行的龟兹国侍子白霸为王，派司马姚光护送他回到龟兹国继承王位。司马姚光到达后，与班超联手废黜了龟兹老王尤利多，拥立白霸为新一任国王，并将尤利多押送至京师洛阳。班超驻守龟兹它乾城，西域只剩焉耆国、危须国、尉犁国怀有二心，其余皆定[] 。永元六年（公元94年）七月，班超大破焉耆国、尉犁国、危须国、山国，并斩杀了焉耆、尉犁两国的国王，为四国皆册立新王[] 。从此西域降服，向东汉送纳人质的有五十余国[] 。
永元八年（公元96年）五月，车师后王叛乱。永元九年（公元97年）三月，西域长史王林击破车师后王并杀之。[]
平定羌乱
东汉自光武帝建武年间以来，西羌叛乱的常从烧当羌开始。[
永元五年（公元93年），护羌校尉贯友派兵出塞攻打烧当羌王迷唐于大小榆谷，斩首八百余级，迫使其遁逃[] 。于是贯友便沿着逢留之河筑造堡垒，制造大船，建立河桥，欲追击迷唐，迷唐便率部落远迁至赐支河[] 。
永元九年（公元97年）八月，迷唐率众八千侵犯陇西，继而号召境内各羌造反，汇合诸羌三万兵力，杀长史。刘肇派征西将军刘尚、越骑校尉赵世等率兵3万征讨，最终将其攻破[] 。次年（公元98年），在耿谭的招抚下，迷唐率领烧当羌投降，到洛阳纳贡[] 。
迷唐归降后，刘肇让迷唐率领烧当羌回到大小榆谷居住，迷唐却说汉军在大小榆谷建造了河桥，兵来无常，不可复居，且族人已不满两千，饥饿难立，便入居金城郡，不肯远出。护羌校尉吴祉等便赏赐给迷唐很多金帛，让他买足粮食与牲畜后率族人出塞，而烧当羌却怀疑朝廷又有阴谋。永元十二年（公元100年），迷唐再度反叛，号召湟中诸胡抄掠而去，回到赐支河，将兵向塞。次年（公元101年）八月，护羌校尉周鲔与金城太守侯霸率兵出塞，在允川讨伐迷唐，大破其部[] 。自此烧当羌彻底瓦解，归降者六千余口，分别迁徙到汉阳、安定、陇西。[]
进军青海湖
永元十四年（公元102年）春，烧何羌造反，被安定郡兵击灭，于是西海（青海湖）与大小榆谷之地不再有羌患。隃麋相曹凤上奏说，大小榆谷土地肥美，有西海鱼盐之利，应当在此重新设立西海郡县，划定区域广开屯田，隔绝羌胡交关之路，种植谷物开发边境。刘肇采纳了他的建议，修缮故西海郡，派金城郡西部都尉驻守西海郡，同时以曹凤接任金城郡西部都尉，驻兵龙耆城。于是东汉在青海湖一带广增屯田，沿河驻扎的兵营共三十四部。直到汉安帝永初年间诸羌造反，才被裁撤。[]
击破鲜卑、高句丽
永元十三年（公元101年）十一月，鲜卑进攻右北平郡，进入渔阳，被渔阳太守击破。[]
永兴元年（公元105年），高句丽太祖王高宫入辽东寇略，被辽东太守耿夔击破，其统帅亦被杀。[]
稳固南境
永元四年（公元92年）冬，溇中、澧中蛮潭戎等叛乱，燔烧邮亭，杀掠官民，郡兵将其击降[] 。永元五年（公元93年），武陵郡兵大破武陵蛮[] 。永元十三年（公元101年）十二月，巫蛮叛乱，攻南郡，永元十四年（公元102年）四月，刘肇派使者都督荆州兵迫降巫蛮[] 。
此外，永元十二年（公元100年）四月，日南郡象林县“蛮夷”二千余人寇掠百姓，燔烧官寺。郡县发兵讨击，斩其统帅，余众乃降。刘肇于永元十四年（公元102年）五月设置象林将兵长史，以防其患。[]
文化
续成汉书
刘肇得知班昭博古通今、学识过人，便下令班昭续写《汉书》，并允许她到皇家东观藏书阁内查阅史料，完成了中国第一部断代史《汉书》的编撰。[
兴办女学
刘肇多次召班昭入宫，为宫里的后妃讲学，后妃们敬仰她的学识，尊称她为“大家”。[] 其中，邓绥除了跟从班昭学习经书外，还兼修天文、算数。[]
定型汉字
刘肇发现五经的解说有异义，而且在文字书写上也不一样，便命贾逵修理旧文字，于是永元八年（公元96年）许慎采集史籀、李斯、扬雄的书，广泛访问民间，请贾逵考证，历经二十多年撰写《说文解字》一书[] ，直至汉安帝建光元年（公元121年）著成并献于朝廷[] 。《说文解字》号称世界第一部字典[] ，为汉字建立了理论体系，开创了部首检字法的先河，对后世影响深远[] 。
永元十三年（公元101年），刘肇亲自到东观，阅览书林典籍，广选有技艺的人到东观任职。[] 刘肇还让左右近臣皆诵读诗书，宫中尚学之风浓厚。
改革策试
在东汉的察举制中，人才多源，但公、私学校出身的经生是主要来源。其中，太学是最重要人才培养机构。太学生的素质会直接影响察举人才的素质，故若要从源头上保证人才选举不乖实，则首先需革除太学积弊。[]
永元十四年（公元102年）十一月，司空徐防针对太学的情况提出了策问改革的建议。他上书批评太学学风“不依章句，妄生穿凿，以遵师为非义，意说为得理”。而“私相容隐，开生奸路”的情况更加重了太学的浑浊。基于此，徐防建议改变博士策问的内容：“臣以为博士及甲乙策试，宜从其家章句，开五十难以试之。”刘肇采纳了他的建议。[]
这一被称为“永元改革”的变革推行后，太学策试的形式应该发生了较大变化，开始侧重章句家法。这项改革深刻地改变了当时的学术形态，使得经书文本开始标准化，新型的小章句形式的经注开始流行，经注开始注重内在统一性和体系性。[]
推行汉礼
元和三年（公元86年）博士曹褒上疏请定汉礼，称“宜定文制，著成汉礼”；但太常巢堪认为“一世大典，非褒所定，不可许。”但汉章帝仍拜曹褒侍中，准其奏请。次年（公元87年）曹褒遵照旧典，杂以《五经》《谶记》之文，撰次天子至于庶人冠、婚、吉、凶终始制度凡一百五十篇，上奏朝廷。汉章帝采纳。
永元三年（公元91年）春，正月，甲子，汉和帝刘肈正式采用曹褒新礼，加元服；同时提拔曹褒为监羽林左骑。
科技
改进军械
刘肇即位后，任命蔡伦为尚方令，主管皇宫制造业，并于永元九年（公元97年）监作秘剑及各种器械，无不精致工巧、坚固致密，被后世效仿。蔡伦大幅度改进了制作工艺，达到极高水准，并长期居于技术的顶峰。后来崔寔在《政论》中写道：“有蔡太仆之弩（十字弓），及龙亭九年之剑，至今擅名天下。”[] []
改进漏刻，统一时间