卫所大多都控制在五军都督府手中，五军都督府基本又控制在勋贵手中。
除五军都督府左都督张世泽外，京师很多勋贵利益因为废除卫所受到极大打击。
在五军都督府外，还有二十六卫所隶属于皇帝亲军。
亲军卫一共二十六个，其中明太祖设了十二个。
分别是锦衣卫、旗手卫、金吾前后卫、羽林左右卫、府军卫、府军左右前后卫、虎贲左卫。
明成祖朱棣增设了十個，分别是金吾左右卫、燕山左右前卫、羽林前卫、大兴左卫、济阳卫、济州卫、通州卫。
明宣宗增设了四个，分别腾骧左右卫、武骧左右卫。
这二十六个卫不归五军都督府管理，而是直接隶属于皇帝管理。
但大部分指挥使和千户都是京师勋贵担任。
后来腾骧左右、武骧左右四个卫成了御马监掌管的部队。
按道理说，卫所要么归皇帝管，要么归五军都督府管。
但是，有那么几个卫，既不是上直亲军卫，又不归五军都督府管辖。
相当于皇帝直接管理的普通卫所，有三种。
六个匠卫
武功左中右三卫、永清左右二卫、彭城卫。这六个卫都是军匠手艺人。
十五个皇陵卫
长陵卫、献陵卫、景陵卫、裕陵卫、茂陵卫、泰陵卫、康陵卫、永陵卫、昭陵卫、定陵卫、庆陵卫、德陵卫。
朱慈烺准备将三个工匠卫并入兵仗局，另外三个卫搬回京师依然归工。
但取消卫所制，建立大明工部制造局，土地全部收回重新分配。
十五个黄陵卫全部取消，以后护国军派军队守卫皇陵，人员可以大规模缩减，根本不需要一个皇陵驻扎一个卫所。
保留锦衣卫、旗手卫、金吾前后卫、羽林左右卫。
除锦衣卫外，其他三位都是皇帝老子的门面必须给足面子，不然说不过去。
朱慈烺和卢象升张世泽等人商量后决定，京畿地区卫除四位卫保留外，其他全部废除，以后朝廷会派兵驻守。
将来收复沈阳后，还有很多卫所都失去作用，完全没有必要存在。
不过暂时还不能动他们，不然朱慈烺还要分兵驻守，目前兵源远远不够。
将来崇祯皇帝退位后，朱慈烺只会保留锦衣卫。
皇宫和紫金城守卫全部由威武营派兵镇守，皇帝老子的亲卫已经不堪大用。
朱慈烺在忙着废除卫所，户部官员也在马不停蹄奔赴近畿地区，准备清查土地。
经过商量，朱慈烺准备先从通州开始清查，本次清查土地依据是户部皇册，从洪武初年到成祖初年开始。
朱慈烺要看看老朱在任期间到朱棣上位后，京畿地区土地兼并增长情况。