1799年开春之后，科万塔伊神父和他领导的“农委会”，大刀阔斧推行的农奴制改革，这才真正触动到波兰广大地主贵族的核心利益，继而遭到了最激烈反对。
尤其是农奴主集中的大波兰、卢布斯卡、库亚维与罗兹等地区，乡间贵族与农奴主，以及目不识丁的农奴们共同站出来，反对这一场直接颠覆波兰近干年社会体制的改革。
在1799年的上半年，全波兰大约有两百多个城镇以及乡村，爆发了不同程度的“武装叛乱”，这其中既有反对土地改良的农奴主组织的，也有鼓吹暴力革-命的雅各宾派极端分子煽动的。
据事后的不完全统计，在内部阴谋者，还有英俄等国间谍的煽动下，差不多有10多万的波兰人，主动或是被动的卷入到这一场政变阴谋中。
至始至终，作为“农委会”总负责人，悲天悯人的胡戈科万塔伊神父，都是希望通过和平谈判，友好协商的方式，来逐步解决波兰社会的内部争端，并反对任何形式的暴力手段。
但在另一方面，科万塔伊神父的同僚们却没有足够的耐心。
等到5月初的时候，面临重重阻扰的“农委会”的其他6位委员，还是绕过负责人科万塔伊神父，直接向波兰的首席执政官巴尔斯发出求援。
很快的，科万塔伊神父的弟子，马鲁舍夫斯基将军接到了执政官的最高指令，其麾下内政部军警（相当于国内宪兵）予以坚决执行，采取一切有必要的武力手段，全力配合“农委会”的工作。
包括寻找、逮捕、甄别与处决那些冥顽不灵的保守派土地所有者，还有大肆煽动社会动荡的左派激进分子。
不久，包括警察、宪兵、自卫队在内的大批武装部队开始频繁调动，他们拿着情报人员提供的黑名单，赶赴各个暴动的乡村城镇，以叛国罪名，坚决而果断镇压每一个反叛者。
等到9月中下旬时，波及两百多个城镇以及乡村的“武装叛乱”，尽数被国内军警与自卫军迅速平息，差不多八百多名拒绝与政-府合作的乡间贵族、农奴主，还有他们的支持者，以及上干名实施暴力革-命的农奴和鼓动他们的激进分子，相继倒在血泊中。
这一期间，在面对越演越烈的各地暴乱，身心疲倦的科万塔伊神父最终宣布辞去担当的财政大臣，以及“农委会”主-席的职务。
仅24小时不到，巴尔斯执政官迅速接受了科万塔伊神父的辞职。对此，已同俄国沙皇签订了一揽子《和平协定》，即将返回巴黎的法兰西执政官，再度来到华沙，坚持支持巴尔斯政权。
对于任何动摇国家根本的反叛者，无论他是激进派，还是属于保守派，安德鲁教导巴尔斯的做法简单而残暴，毫不留情的彻底镇压。
毕竟，以巴尔斯为首的中-央政-府，拥有10万名始终效忠华沙的军警与国民自卫军，足以碾压那些分散四地的反抗势力。
此外，作为国防军的波兰自由军团尽管没有参与国内的军事行动，但他们联合法军，为波兰创造了宽松的国际政治与军事环境，至少不担心俄国人、英国人、普鲁士人与奥地利人的军事干涉。
不仅如此，在叛乱越演越烈之际，法兰西银行的董事会在安德鲁的指示下，同意了波兰政-府的请求，仅在48小时内，就特批了一笔五干万兹罗提（价值2500万法郎）的无息贷款，专门用于协助巴尔斯政-府镇压国内叛乱，收买人心。
尽管面临着重重阻力，波兰国内的各种抗议，乃至武装暴乱频发，但1799年的波兰的政局，在总体上仍保持稳定，终于度过了这段混乱不堪的时期，从而走向一个荣耀兴旺的新时代。
1799年底，也就是农奴改革正初见成效之际，波兰国会通过了巴尔斯执政官的一项提案，那是在乡镇公所之上的地市一级，成立过度性的“缙绅会议”，加强对地方的行政管辖权。
“缙绅会议”，不仅仅是一个吸收了地方各社会阶层参与的议政机关，还被赋予一些行政管理功能：地方的通讯，交通，医疗，卫生，教育和慈善机构均由缙绅会议负责。
1804年之后，仅有5年过度期的“缙绅会议”逐渐被取缔，改为设立省、县（市）两级的自由选举制度。允许公民代表参加当地议会与市政官员的选举。
依照新的规定，省、县（市）两级议会与地方官员每四年选举一次。对此，上级政-府，包括中央政-府在内，对于选举结果不能予以干涉，但巡回上诉法庭有权实施监督，并判定选举是否有效。
至于选举人与被选举人的条件设置，不是依照之前的传统惯例，以他们拥有的财产作为资格，而是效仿现如今的法国，以个人或家庭的纳税数额，作为选举基准，从而保证城市的有产者--那些富有的企业主，和新兴的工人阶层能有机会获得议会席位，继而将这些得益阶层捆绑于国家战车上。
这一政策实施，确保了波兰在未来10到30年内培养了一大批积极参政，又效忠于新国王马克西姆的中产阶层，他们将是稳定国家政治秩序，营造经济繁荣的中坚力量。
安德鲁不留余力的支持巴尔斯等人，致力于波兰的社会改制与经济建设，其目的简单而明确：那就是要波兰尽早尽快的强大起来，成为抵抗东方俄国的防御屏障与进攻阵地。
不仅如此，地处中欧，人口众多，军事强大，经济繁荣的波兰，也将成为法国遏制普鲁士和奥地利再度兴起的军事战略伙伴。
生活在罗马共和国的希腊史家波利比乌斯就曾在《通史》中发表了一种观点：“国王们不会把任何人看作是天然的敌人，或者朋友，而是会把利益作为衡量友谊与敌对的唯一标准。”
与上述这句话有着异曲同工之妙的，是另一时空的19世纪中期，英国首相、外交家帕麦斯顿（巴麦尊）的名言：“在这个世界上，既没有永远的朋友，也没有永远的敌人，只有永远的利益。”
如今的安德鲁法国，已经牢牢控制了普鲁士、奥地利，还有德意志地区和意大利半岛的一干诸侯。至于遭遇到连续失败的保罗一世，也在众多心腹的劝说下，失去了越过涅曼河的勇气，
只是“人无干日好，花无百日红”，未来不可测的因素实在太多了，安德鲁就必须未雨绸缪，而其中一点，就是要保证波兰的安全。
从18世纪到20世纪，这两百多年的欧洲历史，已充分证实一个非常朴素的道理：波兰有事，法国就有事；波兰亡国，法国就危险。
基于此，在“波兰土改”逐步走上正轨的时候，巴尔斯领导的波兰政-府，授权波尼亚托夫斯基亲王和他的法籍参谋们，开启了新一轮的军事改革：
1799年下半年，全民义务兵役正式实施。依照规定，凡年满18岁的波兰男性居民，不分社会地位，不论等级，一律有服兵役的义务。
其间，陆军现役为5年，预备役9年；海军现役7年，预备役3年。每年以抽签方式征兵一到两次，落选者编入预备役民团。
尽管上述军事改制，没能最终废黜贵族可以直接担当军官的特权，但与左派进行政治妥协的结果，是要求贵族在成为军官之前，必须接受一套完整的军校培训；另外，规定了中下级军官中，非贵族的比例，将不得低于三分之一。而且，禁止军中的体罚行为等。
在军事组织上，全波兰划分为5个军区，后来陆续扩展到9个军区，统一管理本军区的一切军事问题。
另一方面，为适应与法国盟友协调作战的需要，全波兰的武装部队将继续执行，以安德鲁-弗兰克为核心的法军最高统帅部，所发布的作战命令。换言之，安德鲁依然是法波联军的最高统帅。
不仅如此，一旦对外战争开启，波兰的主力军团、海军舰队、预备役部队以及军饷、军饷、军械和军需等等，归于联军最高统帅部直接分配、授予或调动。
在武器装备上，除了继续装备法军逐步淘汰的前装线膛枪外，10万波兰军队中的精锐部队，也在尝试性的列装法国兵工厂生产的，最新式的后装针击枪。
至于军队的日常训练，官兵的忠诚教育，以及成立军校培养军官等方面，法军的各种有益措施也持续不断的引入到波兰。
在社会领域，巴尔斯政-府以配合战时需要的名义，加强了对报刊与新闻的严格检查制度；财政税收方面，废除了人头税与其他不合理税种；在法兰西银行帮助下，建立了国家发展银行；取缔波兰境内的各个税务关卡，借此保障工商业的自由流通等等。
这一期间，巴尔斯政-府针对教育和医疗卫生的各项投入，取得成效也是最为明显，差不多属于立竿见影，极大的收获了民众。
不过，直到10年之后，波兰的大学才获得自治招生，学术空气逐渐转向自由化；而在此之前，那些中等教育机构早早的开始面向全社会接收学生，改变了此前只接收贵族子弟入学的做法；
也是在这一时期，波兰效仿法国，在华沙开办了第一个女子中学。从此，女性也获得了接受高等教育和医学专业教育的权利。需要说明的，一名开明的女修道院院长担当了女校校长。
相对滞后的，是司法体制的改革，直到8年之后才开始实施。
宪法强调了司法对行政的（相对）独立性，尽管检察官是由选举产生，但省、县（市）两级的法庭法官，则是第一巡回上诉法庭来负责指定，并施行公开审判制，且有群众参与。另外，司法改革还彻底废除了体罚与肉刑等，极为野蛮的中世纪惩处方式。
重新回到经济方面，为了支撑对俄国的长期战争，波兰得到了安德鲁法国的大力支持，尤其是钢铁煤炭，化学医疗、军火生产等工业领域，得到迅猛发展；
另外，在通讯交通方面，有线电报与铁路运输获得了优先扶持的地位，使得波兰的战时经济，充分活跃起来。
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